A Szent István korában épített templom tökéletes mása található a franciaországi Avesniéres-ben. Ez a pompás épület a tatárjárás áldozata lett. A harmadik székesegyház építése Nagy Lajos uralkodásának idejére tehető, mivel anyja sok, tatárjárásban elpusztult templom és kolostor újjáépítője volt. Kéttornyú, háromhajós, kereszthajóval ellátott templom épült ekkor.
A török időkben a katolikusok csekély számára hivatkozva rövid ideig a reformátusok vették birtokba, majd egy helybéli jezsuita atya közbenjárására kaphatták vissza a katolikusok. Pethe Márton érsek felvidéki protestánsüldözései miatt a hajdúk az egész várost, főként annak érseki palotáját és templomait felégették, a város elnéptelenedett. Gróf Csáky Imre bíboros határozta el az új főszékesegyház építését. A terveket 1728-ban készítették el. A falak 1754-ben már álltak, de külső díszítése csak a következő két évtizedben készült el. 1774-ben a toronysisakok elhelyezésével lett készen a monumentális érseki főszékesegyház a mainál kissé egyszerűbb, de egységesebb megjelenésben.
Az I. világháború előtt jelentős felújítást és templomtörténeti kutatásokat, ásatásokat végeztek a templom körül. A mai berendezés egy része ekkor készült. Erik Walden Jersey